东林书院的创办者杨时是福建南剑州人，生于北宋皇佑五年，中过进士，当过官，早年即立志研修理学，曾经受教于程朱学派的创始人程颢，程颢去世后又师事程颢的弟弟程颐。成语“程门立雪”讲的就是他的故事——
杨时调任浏阳知县时，不忙着上任，却和同乡同年的游酢一起来到洛阳，拜程颐为师。有一次，他们去见老师。过了门楼进了天井，却见程颐正在闭目养神，这时天上正好下雪了，他们怕惊动老师，没有原路退回，也没有走到屋檐下避雪，而是肃立在门外静侯。等到老人家睁开眼来，地上的积雪已经有一尺多厚了，两个年过四旬的新学生仍然冒着严寒恭恭敬敬站在外面守侯。
在现代人眼里，程老先生的做派很有可议之处——人家尊师，您老也该爱生才是。装聋作哑地搭什么架子呀？天寒地冻的，您就不怕把你们事业的接班人冻坏了？
这其实是误解，不能怪程颐不爱护杨时，他自己长时间这么一动不动地坐着，想必也冷得够戗，恐怕也想起身活动活动暖暖这把老骨头，只是为了风度顾不得温度而已。东林学者邹期桢在《一箪轩随笔》中的记叙可以从侧面证明，搞理学的人往往有这些讲究：
他曾与一位朋友谈起程门立雪的情景，很钦佩伊川先生程颐在严寒中闭目端坐如泥塑的气概。那朋友也钦佩地说，生平只见到顾宪成能到达这样的地步。这位不知道姓甚名谁的友人曾与顾同乘小舟出城，这友人凭几而坐，顾凭空端坐。当时河冰初破，船行不稳，顾宪成身体随着船身摇晃，却始终闭着眼睛正襟危坐，毫无倦态。偶尔问他话，他睁眼回答，答完又闭上眼睛，直到到达目的地，整天都是一个样。邹期桢便根据这一点称赞道，顾宪成真是个活的伊川先生啊。
由此可见，无论是程颐，还是杨时、游酢、顾宪成，许多理学家都追求这种境界。然而他们决非仅仅注重表面的一套，而是内外兼修——真正的理学家和假道学的根本区别就在于此。
杨时长期担任州县官，晚年又曾在中央政权机构任职。当一代名相李纲遭受投降派排挤而去职，招致以太学生陈东为首的群众抗议的时候，掌权者为了平息事态，还曾经任用时为谏议大夫的杨时兼任国子监祭酒，受到太学生的一致拥戴。之所以能够成功地发挥稳定局面的减压阀作用，就是由于他的学识、人品以及力主抗金的立场深为人们所敬重。
但是他志不在官，一心想做学问，多年一贯地追随二程潜心钻研理学。
他对于老师虽然礼数周全，学术上却决不盲从。关西学者张载的著作《西铭》深受二程推崇，杨时却认为其中的观点与墨家的“兼爱”相近，不是纯正的儒家学说，为此和老师程颐反复辩论，程颐最后以“理一分殊”来解释，他才表示同意。
正因为他淡泊名利、尊师好学，所以尽得老师的真传。早年他从洛阳南归之日，理学大师程颢曾经亲自送行，目送他远去的背影高兴地说：“吾道南矣！”意思是，杨时回到南方，我们的理学也就传播到南方去了。
杨时也确实没有辜负老师的期望，回到南方以后广泛讲学，把二程的学说传授给学生，在东南地区培养了许多人才。
出于尊敬，学生们干脆称杨时为道南先生。这就是后来东林书院建有“道南祠”的缘由。
因为和无锡的李纲以及常州的邹道乡等人关系友善，杨时经常到这一带来讲学。他认为，无锡有湖山之胜，是传播理学的好地方，便在无锡东门弓河边建了所书院，作为讲学场所，这就是东林书院。杨时号龟山，所以后人也把东林书院叫做龟山书院。
杨时在东林书院讲学达十八年之久，无锡历史上好几位著名人物都跟他的培养造就有关。以正直敢言立身于朝的喻樗就是他的嫡传弟子。南宋四大诗人之一的尤袤曾拜喻樗为师，又曾经跟随杨时游学，所以既是杨时的再传弟子，又可算他的亲授弟子。无锡的第一位状元蒋重珍，则是尤袤晚年所收的学生，可算杨时的三传弟子。
程朱理学的集大成者朱熹早年受教于李侗，李侗是罗从彦的学生，罗从彦则长期就学于杨时门下。所以朱熹也是杨时的三传弟子，朱熹理学的形成曾经受到杨时的重大影响。
在程朱理学发展和完善的过程中，杨时担任了不可或缺的承前启后的角色。从洛阳的二程到福建的朱熹，从“洛学”到“闽学”，无锡的东林书院是重要的中继站。道南祠享堂中悬挂着一方明代吴桂森题写的匾额——“洛闽中枢”，讲的就是这一层意思。
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